TeselaGen:打造合成生物學快速原型平臺
隨著DNA測序和合成的成本大幅下降,硅谷涌現出了一批計算機生物科技創業公司。
TeselaGen是一家為生物實驗室提供中間軟件的公司,幫助它們快速設計和迭代新的DNA結構。這家公司正在開發一些工具,希望能夠幫助研究人員建立和管理濕件實驗(wetware experiment),并從實驗設備中解讀數據。他們跟Genome Compiler、Transcriptic和SV Angel支持的Benchling這些創業公司一樣,都在嘗試將生物軟件變得更加簡便,并加快生物研究的流程。
“我們的目標是終結‘設計—建造—測試—改進’這一循環。”TeselaGen的CEO邁克·費羅(Mike Fero)如是說,他曾經是斯坦福大學的一名研究人員,專注于蛋白質定位的研究。他之前也是一家叫做Neomorphics的基因計算公司的副總裁,該公司于2000年被Affymetrix收購。“我們想要縮短構建DNA所需的時間,并減少實驗的次數。”
生物科技跟軟件的世界不一樣,你不能隨時“編譯”或者“運行”基因編碼(你可以通過這個比喻來理解,細胞就像是一臺小型生物電腦,可以運算出DNA)。這個過程會存在延遲時間,研究人員需要在實驗室內將不同的DNA部分拼接在一起,然后將它們植入到主細胞中,測試并觀察這些細胞是否能夠正確生成特定的酶。
與此同時,生物學家可能會想測試單個設計的10,000種不同的變體,每種變體都有輕微的改變。從現在來看,每一次這種構建所需的合成成本都非常高。費羅希望TeselaGen正在開發的一些產品能夠降低測試這種大量組合的成本。
TeselaGen已經為此做出了能夠幫助研究人員查看并編輯基因序列的可視化工具(見上圖),他們的這種做法與Benchling和Genome Compiler所做的比較相似。不過他們也有在利用j5這個基于軟件的新工具,它能夠自動完成DNA的組合與設計。而且他們已經做出了一個能夠支持合成生物學開放語言(Synthetic Biology Open Language)的設計工作區,該語言是一個能夠幫助合成生物學家和基因工程師共享DNA設計的開放標準。
跟這個領域的其他公司一樣,TeselaGen會向學術機構免費提供他們的產品,并向商業客戶收取使用年費。
現在該公司得到了來自國家科學基金會(National Science Foundation)的支持,并獲得了該基金會提供的100萬美元的小型企業創新研究(Small Business Innovation Research)補助。(譯:consideRay)